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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia. |
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Data corrente: |
10/05/2022 |
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Data da última atualização: |
09/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
SILVA, T. L. C. da. |
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Afiliação: |
THALLITON LUIZ CARVALHO DA SILVA, Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. |
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Título: |
Fenômica e integração de transcritômica e metabolômica na análise das respostas de Gliricidia sepium (JACQ.) STEUD. e Portulaca oleracea L. ao estresse salino. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Lavras, MG: Universidade Federal de Lavras, 2021. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre. Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior, pesquisador da Embrapa Agroenergia. Coorientador: Leonardo Fonseca Valadares, pesquisador da Embrapa Agroenergia. |
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Conteúdo: |
A salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega. MenosA salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de el... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Estresse Abiótico; Multi-ômica. |
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Thesagro: |
Salinidade. |
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Categoria do assunto: |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1142813/1/Thalliton-Luiz-Carvalho-da-Silva-Dissertacao-Mestrado-2021.pdf
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Marc: |
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500 $aDissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre. Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior, pesquisador da Embrapa Agroenergia. Coorientador: Leonardo Fonseca Valadares, pesquisador da Embrapa Agroenergia.
520 $aA salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega.
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653 $aEstresse Abiótico
653 $aMulti-ômica
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Registro original: |
Embrapa Agroenergia (CNPAE) |
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